'장기보유특별공제'와 '종합부동산세' 개편 논의가 2026년 하반기 부동산 시장의 최대 이슈로 떠올랐습니다.
그동안 "오래 보유하면 세금을 깎아준다"는 원칙 아래 운영되던 제도가, 이제는 "실제로 거주했는가"를 기준으로 바뀔 조짐을 보이고 있습니다.
특히 7월 27일 한성숙 국무총리 주재로 열린 '부동산 정책 국민 대토론회'에서 전문가들이 구체적인 개편안을 제시하면서, 초고가 1주택자와 다주택자 모두 세 부담 변화를 피하기 어려울 것이라는 전망이 나옵니다.
아직 최종 확정된 내용은 아니지만, 국회에는 이미 관련 개정안이 발의된 상태입니다. 지금부터 무엇이 어떻게 바뀌는지, 시장에는 어떤 영향을 미칠지 정리해보겠습니다.
고가주택에 집중된 혜택, 형평성 논란
왜 지금 세제 개편이 논의되나
현행 제도에서는 12억 원이 넘는 고가주택이라도 보유·거주 기간에 따라 양도차익의 최대 80%까지 한도 없이 공제 받을 수 있었습니다.
문제는 이 혜택이 초고가 주택일수록 절대적인 감면액이 커진다는 구조에 있습니다. 실제로 장기보유특별공제 혜택의 상당 부분이 서울 고가주택에 몰려 있다는 지적이 꾸준히 제기돼 왔고, 이는 '똘똘한 한 채' 선호 현상을 심화시키는 요인으로 지목됩니다.
당국은 주택 실수요자를 가능한 한 보호하되 투기 목적의 보유를 억제하도록 종합부동산세를 올릴 초고가 주택의 범위를 어떻게 설정할지 시뮬레이션을 거듭하고 있습니다.
장기보유특별공제, 무엇이 바뀌나
보유기간 공제에서 거주기간 공제로
현재 국회에 발의 된 개정안의 핵심은 소득세법 제95조(장기보유특별공제)를 삭제하고, 새로운 조항인 제90조의2(장기보유세액공제)를 신설하는 것입니다.
기존의 '비율 공제' 방식에서 '정액 세액공제' 방식으로 전환하는 것이 골자입니다.
구체적으로는 일정 기간 이상 부동산을 보유한 뒤 양도할 경우, 산출세액에서 최대 2억 원을 공제 받는 방식이 검토되고 있습니다.
다만 이 혜택은 생애 단 한 번만 적용되며, 한 번에 다 쓰지 못한 잔여 공제액은 이후 양도 시점으로 이월 할 수 있는 장치도 함께 포함돼 있습니다.
이는 반복적인 '갈아타기'를 통해 공제를 여러 번 활용하는 구조를 막기 위한 취지로 해석됩니다.
비거주 1주택자에 대한 혜택 축소 가능성
또 다른 축은 보유 기간 중심의 공제를 거주 기간 중심으로 전환하는 방안입니다. 실제 거주하지 않고 보유만 한 고가주택 소유자에게는 현재와 같은 수준의 감면 혜택을 유지하기 어려울 것이라는 게 대체적인 논의 방향입니다.
다만 거주 관련 공제는 유지하고 보유 항목만 단계적으로 폐지하는 절충안이 나올 가능성도 함께 거론되고 있습니다.
종합부동산세는 어떻게 바뀌나
현행 공제 구조부터 살펴보면
현재 종부세 기본공제는 1세대 1주택자가 12억 원, 다주택자가 9억 원이며, 공정시장가액비율은 60%가 적용됩니다.
여기에 더해 1세대 1주택자는 보유 기간(5년 이상 시 20~50%)과 연령(만 60세 이상 시 20~40%)에 따라 두 공제를 합산해 최대 80%까지 세액공제를 받을 수 있는 구조입니다.
초고가 1주택에 공제 한도를 두는 방안
토론회에서 강성훈 교수는 일정 금액 이하의 거주용 1주택은 현행 세 부담을 유지하거나 완화하되, 초고가 거주용 1주택에는 세액공제에 한도를 설정하는 방안을 제안했습니다.
즉 지금처럼 한도 없이 최대 80%를 깎아주는 대신, 일정 금액을 넘어서는 구간부터는 공제 폭을 제한하겠다는 취지입니다.
비거주 1주택자에 대해서는 보유기간 중심 공제를 거주기간 중심으로 전환하는 방향도 함께 제시됐습니다.
실거주 기간 기준으로 개편하자는 제안
심충진 건국대 교수는 한 걸음 더 나아가, 단순 보유가 아닌 실거주 기간에 따라 공제를 설계해야 한다고 주
장했습니다.
5년 이상 거주 시 10%를 공제하고, 이후 5년마다 10%포인트씩 늘려 20년 이상 거주하면 최대 40%를 적용하되, 고령자 공제와 합산한 전체 한도도 현행 80%에서 60%로 낮추자는 구체적인 안입니다.
아직 확정안은 아니지만, 이 방향이 실제 개편안에 얼마나 반영될지가 관전 포인트입니다.
시장에는 어떤 영향이 있을까
절세 매물 증가와 다주택자 퇴로 마련
보유하든 처분하든 세 부담이 전반적으로 커지는 방향이다 보니, 고가주택 보유자와 다주택자를 중심으로 절세 목적의 매물이 늘어날 것이라는 관측이 나옵니다.
실제로 토론회에서는 보유세 강화로 인한 매물 잠김 현상을 막기 위해 다주택자 양도세 중과를 한시적으로 완화하는 방안, 은퇴 후 지방으로 이주하는 경우 세 부담을 덜어주는 인센티브 방안도 함께 논의됐습니다.
참고로 다주택자 양도세 중과 유예 조치는 2026년 5월 9일자로 이미 종료된 상태여서, 향후 중과 완화 여부는 별도의 정책 판단이 필요한 사안입니다.
거래 절벽 우려와 유예 기간 가능성
다만 시장과 전문가들 사이에서는 공제 축소가 장기보유를 유도한다는 제도 본래의 취지를 훼손하고, 오히려 매물 잠김이나 조세 저항을 부를 수 있다는 우려도 함께 제기됩니다.
이때문에 정부가 제도 시행에 앞서 일정한 경과조치나 유예 기간을 두어 시장 충격을 완화할 것이라는 예상이 나오고 있습니다.
실제로 국회 발의안이 그대로 통과될 경우 2027년 시행을 목표로 한다는 전망도 있어, 준비 기간은 어느 정도 확보될 가능성이 있습니다.
지금 무엇을 확인해두면 좋을까
1. 아직 확정안이 아니라는 점을 전제로 움직이기
현재 나온 내용은 토론회 제안과 국회 발의 단계이며, 정부의 최종 세제개편안 발표와 국회 심의 과정을 거쳐야 확정됩니다.
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2. 본인 주택이 해당 구간에 걸치는지 미리 점검하기
초고가 1주택 여부, 비거주 여부, 보유·거주 기간 등에 따라 영향이 크게 달라지므로 현재 기준으로 본인 상황을 정리해두는 것이 도움이 됩니다.
3. 경과조치·시행 시점 뉴스는 계속 확인하기
시행 시점과 경과조치 여부에 따라 매도 타이밍에 따른 세 부담 차이가 수억 원 단위로 벌어질 수 있다는 분석도 나오는 만큼, 후속 발표를 주기적으로 확인할 필요가 있습니다.
4. 구체적인 세액 계산은 전문가와 함께
개인별 상황(보유 기간, 거주 기간, 주택 수, 연령 등)에 따라 유불리가 크게 갈리므로, 실제 의사결정 전에는 세무 전문가와 상담하는 것을 권장합니다.
마치며
장기보유특별공제와 종합부동산세를 둘러싼 이번 개편 논의는 단순한 세율 조정이 아니라, "보유"에서 "거주"로 정책의 무게중심이 옮겨가는 큰 흐름을 보여줍니다.
아직 확정된 사안은 아니지만, 초고가 1주택자와 비거주 주택 보유자, 다주택자 모두 향후 발표될 정부의 세제개편안과 국회 심의 결과를 주의 깊게 지켜볼 필요가 있습니다.
최종 수정: 2026년 7월